Det er tilladt for mænd og kvinder i Søorganisationen at gifte sig, men hvis de ønsker at få børn, gør de det uden for Søorganisationen.
Søorganisationen er en forholdsvis ny religiøs orden, der blev grundlagt i 1967, og den var indtil 1976 baseret på søgående fartøjer uden små børn om bord. Da Søorganisationen flyttede på land i 1976, havde den ikke haft nogen erfaring med børn, men da medlemmer fødte børn, skaffede ordenen faciliteter til at huse dem. Efter ti års erfaring med børn, i 1986, havde det vist sig, at tjeneste for et medlem af Søorganisationen ikke var foreneligt med opdragelse af børn. For eksempel skal et medlem af Søorganisationen frit kunne rejse med kort varsel og undertiden i længere perioder, hvilket ikke er foreneligt med forældrerollen.
Derfor blev det i 1986 fastslået, at Søorganisationens medlemmer, som ønsker børn, vil få en orlov fra ordnen, indtil deres børn har nået myndighedsalderen. I denne forbindelse er Søorganisationen ikke anderledes end andre religiøse ordner.
Det betyder ikke, at den enkelte på nogen måde ikke længere er medlem af Kirken. Personen ville blot fortsætte som Scientologist uden at have en medarbejderstilling som medlem af Søorganisationen, uanset hvad deres valgte karriere måtte være. Når deres børn er voksne eller har nået alderen, hvor de selv kan vælge at tilslutte sig Søorganisationen, er forældrene velkomne til at vende tilbage til Søorganisationen.
For de medlemmer af Søorganisationen, der havde børn, inden den religiøse ordens politik blev ændret i 1986, blev der bygget skolefaciliteter for ordentligt at uddanne og sørge for børnene. For eksempel havde den Internationale Scientology Kirke i flere år drevet private kostskoler for børn af søorganisationsmedlemmer i Riverside og Los Angeles amterne. Søorganisationen sørgede ligeledes for skolegang for børn af søorganisationsmedlemmer i Florida og New York, samt ved Søorganisationens faciliteter uden for USA. Hvert barn, der deltog på disse skoler, blev sendt dertil efter anmodning fra hans eller hendes forældre.
Hvis en person med mindreårige børn i dag ønsker at deltage i Søorganisationen, må børnene kvalificere til Søorganisationen og ønske at tilslutte sig af egen fri vilje. Minimumsalderen for Søorganisationens medlemmer er generelt minimumsalderen i det pågældende eller land for, hvornår det er tilladt for en person at arbejde. Scientology Kirken overholder alle børnearbejdslove, og ingen mindreårige søorganisationsmedlemmer får lov til at udføre andre opgaver eller arbejde flere timer, end loven tillader.
Det er tilladt for mindreårige frivilligt at tilslutte sig Søorganisationen med samtykke fra en af forældrene eller en værge, der er godkendt af forældrene. Så snart personen er i Søorganisationen, og hvis den mindreåriges forældre ikke også er medlemmer af Søorganisationen, skal den mindreårige så desuden have tildelt en værge, der er godkendt af dennes forældre.
Skolegang bliver givet på Søorganisationens faciliteter for yngre søorganisationsmedlemmer, der stadig har behov for at færdiggøre deres skolegang. Disse er yngre søorganisationsmedlemmer, som ellers er i en alder, hvor de får lov til at arbejde, hvilket som regel er fra 16- til 18-års alderen. Hvor lokale love regulerer antallet af timer, en mindreårig må arbejde, er deres arbejdstid justeret i overensstemmelse hermed. Hver retskreds er forskellig. Skolegang gives i det lovpligtige antal timer.
